視認率やクリック率が高いため、

1．離脱率の高いページに表示させ、離脱防止効果を狙う。
2．特にアクセスを送りたいサイトや記事をピックアップできる。

ことが挙げられます。

タグ設置ページとポップアップRSSは同一ドメインとすることが基本ですが、別ドメインの人気サイトを取り上げて使われている方もいます。

現在見ている記事と同一の記事はポップアップに表示されませんので、同一ドメインでも心配ありません。