はい、できます。

ただし、複数のツールに違う階層のドメインを設定することはできません。

設定できる例

• ツールAにaaa.ninja.co.jpを設定
• ツールBにbbb.ninja.co.jpを設定

設定できない例１

• ツールAにninja.co.jpを設定
• ツールBにbbb.ninja.co.jpを設定

設定できない例２

• ツールAにwww.aaa.ninja.co.jpを設定
• ツールBにaaa.ninja.co.jpを設定

※ 上記の設定できない例１、２（階層の違うドメインの使用）で運用したい場合は、バーチャルホスト機能をご利用ください。