ブラウザーのクッキー設定が「規定のレベル」になっているかどうか確認してください。

【IEでの設定例】
ツール(T)→インターネットオプション(O)を選択。

[セキュリティ]のコーナーで規定のレベル(D)を押した状態に、[プライバシー]のコーナーで規定(D)を押した状態にそれぞれすると、JavaScript（IEでの呼称はアクティブスクリプト）とCookieが有効になります。

また、ファイアーウォールが原因である可能性があるので、その場合、『忍者ツールズ』のドメイン、ホスト名に対する制限を解除するような設定により不具合が解消致します。
具体的には『忍者ツールズ』ドメイン自体、さらにhoge.ninja.co.jpや、ツールを表示しているときのホスト名*.ninja.co.jp（*は英数字です）を制限しないように設定してください。