Google検索やYahoo検索などの主要検索エンジンでは、セキュリティ向上やプライバシー保護を目的としたSSL化が進んでおり、検索エンジンからのアクセスをアクセス解析ツールに対して開示しない仕様となっております。
SSLを利用していない検索エンジンからの流入であれば、検索エンジンからの訪問をを解析できます。

また、自己登録型のサーチエンジン、リンク集などからの訪問は、通常の検索エンジンとは仕組みが異なるため検索ワードが表示されません。