小さいフレームにメニュー項目、大きいフレームにメインコンテンツを表示するようなフレーム割の場合は、大きい方のフレーム内に呼び出される各HTMLファイルに解析用ソースを設置すると使いやすいです。
大きいフレーム内のページは外部サイトや検索エンジンから直リンクされる可能性が高く、それらのアクセス状況を把握できるメリットがあるからです。
フレームの外側（framesetタグを記述しているHTMLファイル）には解析用ソースを記述しないでください。